私はアマチュアの上に無名なので、どんな内容だろうと誰も見てないから批判されないと思うので参考になりそうにありませんが、前置きの部分は別の意味で参考になるかもしれません。

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まずSNSでの批判については、そのクリエイターが嫌いだから作品のテーマや作品に出てきた台詞などを叩く理由にしている人がいます。

そして作品を見てもいないのに叩いてる人に乗せられて叩き始める人もいます。

クリエイターが嫌いで叩く理由にしているだけの人は何をテーマにしようがどんな台詞を言おうが理由をこじつけて叩きます。

なんなら台詞ですら出てこない、テーマでもない、作品内に一切出てこなかった事を「このクリエイターはこういう意識でこの作品を作った。だからこれはこう言う内容だ」などと無理矢理こじつける人もいます。

そして乗せられるような人は作品を見ないので誰かが叩き始めれば一緒になって叩き始めます。

中には人を叩くのが好きなだけだから理由はどうでもいいという人もいます。

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それからSNSを見る限りストーリーの内容を理解できてない人が一定数います。

質問者さんが例えに出している「差別」の場合、クリエイターが伝えたいのは差別はよくないという事なのに、それを表現するために差別的な台詞を登場人物が言ったりすると「差別的だ」「差別主義者だ」と言い出す人がいます。

「差別」を別の言葉に当てはめても同じです。

『ダ・ヴィンチ・コード』にキリスト教を否定する意図はないはずです。

キリスト教に伝わる話をストーリー作りの素材にして、そのストーリーの舞台を実在の場所にしただけです。

しかし世界中のキリスト教団体に猛反発をくらって映画が上映禁止になった国もあるそうです。

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ここからが質問の回答ですが、元より社会的な思想信条や主義主張の入ってるものは書いてませんが一応気にしてます。

理由は作者が嫌いだから見ないという人がいるからです。

私自身、作者が嫌いだからと言う理由で観ないものがあります。

大人気なので名前は出せませんが。

ですから少なくとも作者の考えだと思われて嫌われそうなことは主人公側にはさせません。

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それとは別に社会の考え方というのは変化していきます。

例えば家事ですが今でも家事育児は女性がするものと思っている人がいますがこの考え方は古いです。

今はまだしも十年後には古臭いと思われるか、下手をしたら女性だけが家事をしなければいけない理由が理解出来ないと思われるかもしれません。

「男性がピンク色の服を着てたら笑われた」なんて既に理解出来ないという人がいるでしょう。

登場人物が何故そう考えるのか分からないと話に入り込めない人もいると思います。

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今よりも遙かに同性愛者に対する偏見がひどかった頃に描かれた未来が舞台のSFマンガで「肌の色や性的嗜好で差別したた時代があったなんて信じられないね」と笑っているシーンがありました。

おそらく将来はこのマンガのように今の差別や偏見は笑われるようになると思います。

差別や偏見は良くないからと言うだけではなく、未来の人に読まれたとき「なぜこういう考え方をするのかさっぱり分からない」と思われないためにも極力避けています。