可愛いのは絵だけで中の人は気持ちの悪い人かもしれないじゃないですか？
この部分は創作全般にあたるお話なので、他の事例を思い浮かべていただければいいかと思います。
たとえば
素晴らしい小説を書く人が実生活でろくでもない人かもしれない。 具体例：太宰治
素晴らしい声の人が実生活ではろくでもない(略) 具体例：思いつかず
素晴らしい絵を書く人が(略) 具体例：レオナルド・ダ・ヴィンチ 仕事をやらないことで有名
なのでもしあるVtuberが人気があるとすれば以下の理由が考えられますね。
配信内容が優れているので視聴者がいる
配信をしている間の振る舞いが優れているので視聴者がいる
その他配信ないしSNSの振る舞いが魅力的なので視聴者がいる
さて、こんな無機質な回答はおいておいてもっと具体的なお話をしましょう。
ご質問で思いつくのはドラマや映画におけるメイクです。
劇中で最初は若かったキャラクターが年をとったり、怪我をすることがあります。
ここでまさか俳優を実際に老化させたり怪我をさせることは普通ありません。
メイクでそう見せるのです。さて、質問者さんはこうした場面で「この俳優は実際はこんなに老けていない」とか「こんなに怪我をしていない」ということを気にされるのでしょう。
あるいは、今はCGを使った演出はありふれています。
役者に襲いかかる巨大な怪物、これがCGの場合は存在しません。
その存在しないものに対して怯える演技をする役者を「嘘だ」と糾弾されるのでしょうか。
あるいは怪物はCGでなければ着ぐるみやミニチュアです。
その嘘もいちいち指摘するのでしょうか。その時起こるのは称賛ではなく、質問者さんを部屋から追い出して他の人は映画やドラマを鑑賞するだろうということです。
このように人々は嘘を愛してきました。嘘である劇は紀元前から確認されています。
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さて、ここで重要なことですが、私は質問者さんを批判するつもりはありません。
すでに並べたように創作は嘘にまみれているのですが、その嘘には人によって「耐えられない嘘」が存在します。
天文学者はSFを楽しめません。宇宙が出るたびにその演出が自分の知識と違うのが気になってしまいます。
歴史学者も歴史ドラマを楽しめません。自分が知っている事実と違う演出が出れば、それが歴史において事実か検討するのにやっきになるでしょう。
他にも警察関係者や弁護士など犯罪に直接触れる方は事件を扱うフィクションがいちいち気にかかってしまうでしょう。
このように、人によってフィクションの「耐えがたさ」が異なります。
ですので、質問者さんの質問、耐えがたさはどこから来ているか考えることができれば質問は理解ができるかもしれません。もちろん、理解できても耐え難いかもしれませんが。
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人気である部分は他の方も挙げている通り、人気のVtuberも不人気のVtuberもいるという回答になるでしょう。