ご指摘の通りで、この構造は誤嚥を生じさせる点ではデメリットが大きい構造です。そしてこの構造はホモ・サピエンスに特有で、他の霊長類には見られないものです。しかし、そのデメリットを補うだけのメリットがあるために、この構造が進化したと考えられています。

ホモ・サピエンス以外の多くの生物では、軟口蓋（口と鼻の境目を与える部分）と喉頭蓋（気管と食道を分ける部分）とが近い位置にあり、両者をくっつけることが出来ます。そのため、大半の生物は、呼吸における空気の通り道の管と食事における食べ物の通り道の管とを完全に分けることが出来ます。そのため、ホモ・サピエンス以外の生物では、誤嚥は基本的に生じません。これに対し、ホモ・サピエンスは軟口蓋と喉頭蓋とが離れた位置にあるため、呼吸の管と食事の管とを完全に分離することが出来ず、両者は共通の部分を使う必要があります。そのため、呼吸の管と食事の管が適切に分離できないと誤嚥が生じます。これは無視できないリスクを生じさせるものであり、ホモ・サピエンスの体の構造における大きなデメリットです。

しかし、そのような構造が生じたのは、ホモ・サピエンスにとって誤嚥のリスクに勝る進化的なメリットがあったからだと考えられています。それは「言葉を発する」という機能です。ホモ・サピエンスは軟口蓋と喉頭蓋が離れた構造をしているため、「喉頭蓋ー軟口蓋」と「軟口蓋ー口」との間が同じぐらいの長さのL字の形状になっています。この構造のため、ホモ・サピエンスは舌を少し動かすだけで簡単に異なる母音を出しわけることが出来ます。これに対し、軟口蓋と喉頭蓋が近いホモ・サピエンス以外の動物では、「喉頭蓋ー軟口蓋」が極めて短く「軟口蓋ー口」が極めて長い形をしているので、舌を動かすことで母音を出しわけることが難しくなっています。ホモ・サピエンスにとって言語コミュニケーションは極めて重要な機能なので、誤嚥のリスクを背負ってでも、軟口蓋と喉頭蓋を長くするような変化が生じたのだろうというのが有力な理解です。