東京駅など、新幹線の駅でかつ駅前が微妙とは感じられない駅も少なくないので、おそらく質問者の方が聞きたいのは「新幹線の駅として新たに作られた駅（新〇〇駅、のタイプが代表）」の駅前が微妙なことが多い、ということだと解釈して答えます。

これはまさに設定の段階でやや答えを出してしまっていますが、「新幹線の駅として新たに作られた駅」であるということは、その駅とは別に「昔からある駅」が存在するということです（新大阪駅ー大阪駅、新横浜駅ー横浜駅のような）。そして、通常は昔からある駅の周りがすでに発展して栄えており、新しく作られた新幹線用の駅はその栄えているエリアからは離れている、という関係になりがちです。新たに駅を作るのであれば、新幹線用の駅の用地確保が容易な場所を選ぶはずですから、必然的に栄えている場所（用地確保が大変そうな場所）ではなく、あまり栄えていない場所が選ばれやすいと考えられます。

もちろん新幹線の駅を作った後で、その駅の周りが発展してもいいわけですが、すでに栄えている場所（すでにある方の駅の周り）が一定の距離の中に存在するのであれば、そちらに吸い寄せられてしまう面も強いでしょう。また新幹線で来る人は、その駅やその周りが目当てではなく、遠方から中継地点としてその新幹線駅で降り、その駅からさらに電車などに乗って別の目的地に行きたい人が多いでしょうから、在来線ではなく新幹線のユーザーをメインに、その駅で乗り換えではなく外に出てもらうことを狙って発展させていくことは、なかなか難しい場合も少なくありません。

新幹線駅が新たに建てられたわけではない駅（在来線と同じ場所に駅が作られたケース）についても、繁華街からやや離れた場所に駅があると感じる事例も少なくないかもしれません（京都、広島、金沢など）。しかしこれは逆に言えば、「在来線の駅の周りに新幹線のための用地確保ができた」ということなので、在来線の駅の周りが極端に栄えていなかったがゆえに可能だったこととも見れるかもしれません。在来線の駅の周りが栄えている場合に、新幹線の駅は新たに作られる（用地確保できないのでそうせざるを得なかった）という面もあると考えられます。