これは面白いですね。ECSというかコンテナにデプロイされた場合の話ですね。実際に起こっているかは知りません。事件の詳細が詳しく報告されることは稀です。もしも秘密裏に知っていたとしたら、守秘義務があるので稀な例は書けません。

ただ現実には、カード情報漏えい事件の多くはレンタルサーバー等伝統的な環境で起こっていますし、EC-CUBEがコンテナでデプロイされるなんてことは通常ないわけで、あったとしても非常に稀なケースだと思います。コードの書き換え系の攻撃にはコンテナは強そうですが、コンテナ上のECサイトが主流になったとき（果たして来るのかという感じですが）に攻撃者がどういうアイデアをひねり出してくるか、興味深いですね。