もちろん違う職種だとは思います。例えばソフトウェア開発者を管理するのがもともと製造業の機械系出身の開発者とかになると考え方の違いから苦労するだろうなと思います。

共通点はありますが、区別したほうがお互い幸せだろうなとは思います。ここで言う区別というのは「同じ職種として扱わない」というレベルの話であって、「エンジニアという呼称をソフトウェアエンジニアと製造業者両者に使うべきではない」とかそういう言語レベルの話をするつもりではありません。また、「同じ組織内に置くのではなく、分けるべき」という話でもないです。

区別したほうが良いとは思うのですが、文脈上「エンジニア」といって伝わる場面では使っていいと思いますし、「同じ組織内にいる」というのも組織デザインの話であり、それ自体が悪いわけではないと思います。

「区別するべき」というよりかは「区別したほうがお互いのため」というレベルの話ですし、「区別」と言った時に「同じ職種だと思わないほうが良い」というレベルで捉えています。